Die meisten Tiere werden auf minderwertigen Schiffen transportiert. Laut einem aktuellen Bericht der Europäischen Kommission (DG Sante) sind 54 % der eingesetzten Schiffe mit einem hohen bis sehr hohen maritimen Sicherheitsrisiko behaftet und mindestens 4 EU-Länder haben Schiffe zugelassen, die nicht den EU-Tierschutzvorschriften entsprechen.   
Die Innenausstattung der eingesetzten Schiffe ist für lebende Tiere vollkommen ungeeignet, was unter anderem dazu führt, dass sich die Tiere oft verletzen. Selbst wenn es einen Tierarzt an Bord gäbe, sind die Decks unzugänglich, so dass Tiere nicht behandelt oder versorgt werden können. Die Schiffe sind unzureichend belüftet. Da auf den Schiffen nicht ausgemistet werden kann, kommt es zu extremer Ammoniakbelastung unter Deck und auf den Schiffen. Dies führt zu Augenreizungen bis hin zur Blindheit der Tiere. Die Temperaturgrenzen werden auch bei Seetransporten häufig nicht eingehalten, somit sterben in den heissen Sommermonaten jährlich Hunderte von Tieren auf den ungeeigneten, schlecht belüfteten Schiffen.   

Da es für Seetransporte keine rechtlich festgelegten maximalen Transportzeiten gibt, dauern die Schiffstransporte meist Tage bis Wochen. Kommt es zu einer Planänderung wie der Verweigerung des Anlandens im aussereuropäischen Drittland, sind die Tiere gefangen und müssen monatelang auf den Schiffen ausharren. So erging es Anfang 2021 über 2500 Rindern auf den Transportschiffen »Karim Allah” und »El Beik” im Mittelmeer. Für die gesamte Dauer des Transports müssen die Tiere in ihren eigenen Exkrementen stehen und haben keine trockene Einstreu, um sich hinzulegen. So müssen sie stehend permanent die Schwankungen der Schiffe ausgleichen. Viele Tiere werden schwer krank oder sterben. Die Tiertransportschiffe sind überfüllt und es gibt keine Tierärzte an Bord. Das macht es unmöglich, kranke Tiere zu behandeln oder notfalls einzuschläfern. Tote Tiere werden oftmals über Bord geworfen. Nach der Ankunft im Bestimmungshafen werden die Tiere auf LKWs verladen und weiter transportiert. Diese LKWs entsprechen in der Regel nicht den EU-Vorschriften. 

Es gibt keine verantwortliche Person, die sich um die Tiere an Bord kümmert und alle Vorkommnisse dokumentiert, bis die Tiere den Bestimmungsort erreicht haben.  Es gibt keinen Tierarzt an Bord, der kranke oder verletzte Tiere behandelt oder notfalls einschläfern kann. Es gibt keine routinemässige Berichterstattung über den Gesundheitszustand oder die Sterblichkeit der Tiere während des Seetransports oder bei Ankunft in Drittländern. 

Oft sind die Rampen zum Be- und Entladen der Schiffe zu steil, wodurch sich die Tiere verletzen können. Manchmal fallen die Tiere ins Wasser und werden an Seilen herausgezogen. Kranke Tiere werden mit einem Kran, an einem Bein hängend, vom Schiff gehievt. Untersuchungen in EU- und Drittlandhäfen haben ergeben, dass hier Tierquälerei an der Tagesordnung ist: Tiere werden oft geschlagen, ihre Schwänze werden verdreht, und sie werden über längere Zeit am Maul oder anderen empfindlichen Stellen mit Stromschlägen traktiert. Dies geschieht vor allem dann, wenn ein Tier verletzt ist und nicht aufstehen oder laufen kann.   

Die Schlachtpraktiken in den Drittländern, in die die meisten Tiere gebracht werden, sind entsetzlich grausam. Die Schlachtung erfolgt ohne vorherige Betäubung und beinhaltet Praktiken wie das Ausstechen der Augen und das Durchtrennen der Beinsehnen, um die Tiere wehrlos zu machen sowie das Hochziehen der Tiere an einem Hinterbein, um die Tiere ohne Betäubung zu töten. Den Tieren wird meist mit wiederholten Schnitten mit stumpfen Messern die Kehle durchtrennt: bei vollem Bewusstsein. Der Todeskampf kann 15 bis 30 Minuten dauern.

Zahlreiche Untersuchungen in EU- und Drittlandhäfen zeigen immer dasselbe: Tierquälerei ist beim Transport von Tieren an der Tagesordnung.    
Niemand weiss, wie viele Tiere während der Transporte in Drittländer oder in den ersten Tagen nach Ankunft am Zielort krank oder verletzt werden oder sterben. Sobald die Tiere die EU-Grenze überquert haben, gibt es keine verantwortliche Person, die den Gesundheitszustand oder die Anzahl der gestorbenen Tiere dokumentiert und meldet. 
Die EU könnte für bis zu 80 % des weltweiten Handels mit lebenden Nutztieren verantwortlich sein. Angesichts dieser Zahl ist die Frage, wie Tiertransporte in der EU geregelt sind, von ganz entscheidender Bedeutung, um das Elend für die Tiere zu beenden.  
Das Europäische Parlament hat einen Untersuchungsausschuss für Lebendtiertransporte eingesetzt, um Verstösse und Mängel der EU-Verordnung 1/2005 zu untersuchen. Die Ergebnisse sollen auch als Grundlage für die bevorstehende Überarbeitung der Verordnung dienen.